В секрете слизистой оболочки содержится ряд неспецифических и специфических защитных факторов, способствующих обезвреживанию и удалению микроорганизмов. К первым относятся гликопротеиды, лизоцим, лактоферрин, комплемент, ингибиторы протеазы, секреторные глюкозидазы, интерферон. Специфические факторы представлены иммуноглобулинами, выполняющими роль защиты от микроорганизмов.
Благодаря деятельности тех и других факторов происходит нейтрализация вирусов, токсинов, лизис бактерий.